Het Netwerk, de Zoogdiervereniging en de GaN hebben overlegd met de Dienst Landelijk Gebied en de Dienst Regelingen over de handhaving van het vleermuisprotocol. Binnen DLG blijken regio's verschillend om te gaan met advisering over de ontheffingaanvragen waarbij onderzoek niet volgens het protocol is uitgevoerd of waarvan de afwijkingen van het protocol onvoldoende beargumenteerd zijn. Binnen DLG wordt gewerkt aan een meer uniformere benadering bij het voorschrijven van het vleermuisprotocol.
Als opdrachtgevers bereid zijn mitigerende maartregelen te nemen en het is duidelijk welke maatregelen nodig zijn, is onderzoek volgens het protocol niet meer nodig. Dan is onderzoek nodig om de benodigde mitigerende maatregelen te kunnen ontwerpen.
Bij onzekerheden over de effectiviteit van maatregelen zou monitoring bijsturen mogelijk moet maken ('hand aan de kraan'). Dienst Regelingen zal kenbaar gaan maken dat de ontheffingaanvraag beter is als daarin monitoring en daaraan verbonden bijsturingsmogelijkheden zijn opgenomen. Overwogen wordt de vraag naar mogelijkheden voor bijsturen op te nemen in het aanvraagformulier ontheffing Ff-wet.